Pagrindinė Kirdiejų rūmų architektūrinė idėja kilo atsižvelgiant į istorinius pakeitimus nuo pat rūmų gyvavimo pradžios – 1604 m. Siekiant atgaivinti ankstyvojo baroko tūrinę išraišką ir pastato detales buvo pasirinkta atidengti antrame etape (iki 1700 m.) įrengta galeriją šiauriniame flange, taip pat trečiu etapu pratęstą arkinę galeriją šiaurės fasade, bei nugriauti penktojo etapo balkono tūrį.

Interjero erdvėse atlikus išsamius architektūrinius tyrimus siūloma naikinti eklektikos laikotarpiu pastatytas laikinas sienas ir taip atkurti pradinį barokinį – klasicistinį pastato ne tik išorinį bet ir vidaus erdvių įvaizdį. Ekspozicijos suprojektuotos įvertinant universalaus dizaino principus ir kuriant unikalias erdves tokias kaip pirmo aukšto  foje su pagalbinėmis ir administracinėmis patalpomis, antrame aukšte – nuolatinės ekspozijos salės ir kintanti parodų erdvė mansardiniame aukšte. Taip pat didelis dėmesys skiriamas pagrindinių erdvių baldų dizainui, kurie projektuojami panaudojant susmulkintų žurnalų ir dokumentų atliekas.

Tokiais pačiais principais vadovaujantis spendžiama sklypo teritorija analizuojant panašaus laikotarpio Vilniuje dangas, kiemus, jų elementus modernizuojant ir pritaikant šių dienų naudojimui.